在这个问题中，Cy7染料被用来功能化沙蚕蛋白酶（Nereis Aspartic Proteinase，简称NAP，但请注意这个简称可能不是广泛接受的，具体取决于文献和领域内的习惯）。命名“Cy7-NAP”直接表达了Cy7与沙蚕蛋白酶之间的功能化关系。

命名建议：

如果“NAP”作为沙蚕蛋白酶的广泛接受简称，则保持原命名“Cy7-NAP”。

如果“NAP”的接受度不高，或者为了更清晰地表达，可以考虑使用“Cy7-conjugated Nereis Aspartic Proteinase”或简写为“Cy7-Nereis AP”。

但请注意，如果“NAP”在您的领域或文献中已被广泛接受为沙蚕蛋白酶的简称，那么“Cy7-NAP”将是一个简洁且有效的命名。

综上所述，对于第一个问题，建议使用原命名“Cy7-TG”；对于第二个问题，如果“NAP”是广泛接受的简称，则建议使用“Cy7-NAP”，否则可以考虑更详细的命名如“Cy7-conjugated Nereis Aspartic Proteinase”。

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